Como resultado colateral de los años de actividad de investigación, el CENPAT ha generado la formación de colecciones de materiales biológicos y no biológicos que conforman una serie de referencia a nivel internacional.

Una colección de referencia es un museo vivo de historia natural o cultural. En ella se almacenan conjuntos de especímenes, bibliotecas de ADN, registros fotográficos, etc., los cuales son adecuadamente catalogados, mantenidos y organizados. La colección no es solamente la acumulación física de objetos, sino su correcta y permanente clasificación, su estudio, su crecimiento, y su disponibilidad para cualquier especialista que requiera datos sobre nuestra región.

Las colecciones sirven, entre muchas otras cosas, como material de referencia para identificar otros especímenes. Cada año, miles de especímenes en el mundo son estudiados por la comunidad científica internacional para aclarar problemas taxonómicos y obtener otro tipo de información biológica.