Esta colección, asociada a la anterior, contiene los restos esqueletarios de pobladores originarios de la Patagonia hallados en los yacimientos arqueológicos referidos arriba. Se trata de una muestra que asciende a 60 esqueletos, de adultos e infantiles, y dada su cantidad de fechados radiocarbónicos, su conservación encabezada por bioantropólogos forenses profesionales, y su contexto arqueológico, es única en el mundo. Además alberga los restos (aún sin una asignación legal de la identidad) de la primera mujer galesa fallecida en Patagonia, Mrs. Catherine Davies. Al igual que la colección mencionada precedentemente, esta colección forma parte del Patrimonio Antropológico de la Provincia del Chubut, y el CENPAT es reconocido oficialmente como Repositorio Oficial de ese patrimonio.