Esta colección fue creada en 2001 con el propósito de oficializar una incipiente colección de invertebrados fósiles y trazas de invertebrados fósiles de la Patagonia. Está reconocida como uno de los Repositorios Oficiales del Patrimonio Paleontológico de la Provincia del Chubut. Cuenta con unos 300 registros que abarcan piezas desde la era Precámbrica hasta el Cuaternario. Además de los materiales de Chubut, cuenta con donaciones de yacimientos de Bolivia, México y USA. Además de los materiales propiamente dichos, esta colección cuenta con una sub-colección con fines didácticos. Forma parte de la red Global Biodiversity Information Facility (GBIF).